Математики придумали архиватор для ДНК

Математики из Массачусетского технологического института предложили новый способ хранения и обработки данных о последовательностях ДНК. Он должен помочь справиться с наплывом данных от все большего числа прочитанных геномов. Работа с описанием нового алгоритма опубликована в журнале Nature Biotechnology, а ее краткое содержание можно прочитать на сайте института. Алгоритм основан на том, что последовательности ДНК между всеми организмами в той или иной степени схожи, а наибольший интерес для ученых представляют…

Алгоритм основан на том, что последовательности ДНК между всеми организмами в той или иной степени схожи, а наибольший интерес для ученых представляют различия. Поэтому, по словам авторов, хранить и обрабатывать следует не сами последовательности, а их отличия друг от друга.

Если, например, поиск определенной последовательности в геноме некоторого организма уже проводился, то поиск той же последовательности в новом геноме следует проводить не по всей последовательности, а только в тех местах, где новый геном отличается от старого. Это позволяет существенно снизить время поиска последовательностей и нагрузку на вычислительные центры. Разница в длительности вычислений между старым и новым алгоритмом зависит от количества уже прочитанных геномов — чем их больше, чем труднее искать по-старому и тем очевиднее преимущества нового алгоритма.

Упор на поиск различий в близких геномах соответствует современному развитию биологии. С одной стороны, в последнее десятилетие резко уменьшается стоимость секвенирования. Из-за этого скорость роста данных о последовательностях ДНК уже превышает экспоненциальную. С другой стороны, по мере увеличения количества прочитанных геномов доля совершенно уникальных последовательностей уменьшается. Прочитанные геномы все больше походят друг на друга. Например, в ближайшее время биоинформатики ожидают массового наплыва данных от проектов по секвенированию ДНК тысяч отдельно взятых людей, позвоночных, насекомых.

Источник: lenta.ru

Корейские математики придумали способ борьбы с пробками
Математики из Кореи нашли способ, который позволит полностью избавиться от заторов на дорогах. Статья пока не была опубликована, однако ознакомиться с ней можно посетив ресурс arXiv.org.

ZTE просит придумать название для краудсорсингового смартфона
Компания ZTE запустила следующий этап своего проекта «идейного» краудсорсинга Project CSX. Теперь она просит пользователей придумать название для будущего смартфона.

Родственники погибших в крушении Boeing сдали кровь для ДНК-экспертизы
Родственники 51 погибшего в крушении пассажирского Boeing в Ростове-на-Дону сдали кровь для ДНК-экспертизы. Об этом ТАСС сообщили в оперативном штабе.

Родственники погибших в крушении Boeing сдали кровь для ДНК-экспертизы
Родственники 51 погибшего в крушении пассажирского Boeing в Ростове-на-Дону сдали кровь для ДНК-экспертизы. Об этом ТАСС сообщили в оперативном штабе.


  • Последовательность,
  • ДНК,
  • Геном,
  • ТОЙ,
  • Поиск
Комментировать публикацию через Постсовет:
Комментарии (0) RSS свернуть / развернуть

Только зарегистрированные и авторизованные пользователи могут оставлять комментарии.


Комментировать публикацию через Вконтакте: