Математики придумали архиватор для ДНК Математики из Массачусетского технологического института предложили новый способ хранения и обработки данных о последовательностях ДНК. Он должен помочь справиться с наплывом данных от все большего числа прочитанных геномов. Работа с описанием нового алгоритма опубликована в журнале Nature Biotechnology, а ее краткое содержание можно прочитать на сайте института. Алгоритм основан на том, что последовательности ДНК между всеми организмами в той или иной степени схожи, а наибольший интерес для ученых представляют… Алгоритм основан на том, что последовательности ДНК между всеми организмами в той или иной степени схожи, а наибольший интерес для ученых представляют различия. Поэтому, по словам авторов, хранить и обрабатывать следует не сами последовательности, а их отличия друг от друга. Если, например, поиск определенной последовательности в геноме некоторого организма уже проводился, то поиск той же последовательности в новом геноме следует проводить не по всей последовательности, а только в тех местах, где новый геном отличается от старого. Это позволяет существенно снизить время поиска последовательностей и нагрузку на вычислительные центры. Разница в длительности вычислений между старым и новым алгоритмом зависит от количества уже прочитанных геномов — чем их больше, чем труднее искать по-старому и тем очевиднее преимущества нового алгоритма. Упор на поиск различий в близких геномах соответствует современному развитию биологии. С одной стороны, в последнее десятилетие резко уменьшается стоимость секвенирования. Из-за этого скорость роста данных о последовательностях ДНК уже превышает экспоненциальную. С другой стороны, по мере увеличения количества прочитанных геномов доля совершенно уникальных последовательностей уменьшается. Прочитанные геномы все больше походят друг на друга. Например, в ближайшее время биоинформатики ожидают массового наплыва данных от проектов по секвенированию ДНК тысяч отдельно взятых людей, позвоночных, насекомых. Источник: lenta.ru Последовательность, ДНК, Геном, ТОЙ, Поиск

Математики придумали архиватор для ДНК

Математики из Массачусетского технологического института предложили новый способ хранения и обработки данных о последовательностях ДНК. Он должен помочь справиться с наплывом данных от все большего числа прочитанных геномов. Работа с описанием нового алгоритма опубликована в журнале Nature Biotechnology, а ее краткое содержание можно прочитать на сайте института. Алгоритм основан на том, что последовательности ДНК между всеми организмами в той или иной степени схожи, а наибольший интерес для ученых представляют…

Алгоритм основан на том, что последовательности ДНК между всеми организмами в той или иной степени схожи, а наибольший интерес для ученых представляют различия. Поэтому, по словам авторов, хранить и обрабатывать следует не сами последовательности, а их отличия друг от друга.

Если, например, поиск определенной последовательности в геноме некоторого организма уже проводился, то поиск той же последовательности в новом геноме следует проводить не по всей последовательности, а только в тех местах, где новый геном отличается от старого. Это позволяет существенно снизить время поиска последовательностей и нагрузку на вычислительные центры. Разница в длительности вычислений между старым и новым алгоритмом зависит от количества уже прочитанных геномов — чем их больше, чем труднее искать по-старому и тем очевиднее преимущества нового алгоритма.

Упор на поиск различий в близких геномах соответствует современному развитию биологии. С одной стороны, в последнее десятилетие резко уменьшается стоимость секвенирования. Из-за этого скорость роста данных о последовательностях ДНК уже превышает экспоненциальную. С другой стороны, по мере увеличения количества прочитанных геномов доля совершенно уникальных последовательностей уменьшается. Прочитанные геномы все больше походят друг на друга. Например, в ближайшее время биоинформатики ожидают массового наплыва данных от проектов по секвенированию ДНК тысяч отдельно взятых людей, позвоночных, насекомых.

Источник: lenta.ru

Корейские математики придумали способ борьбы с пробками
Математики из Кореи нашли способ, который позволит полностью избавиться от заторов на дорогах. Статья пока не была опубликована, однако ознакомиться с ней можно посетив ресурс arXiv.org.


  • Последовательность,
  • ДНК,
  • Геном,
  • ТОЙ,
  • Поиск
Комментировать публикацию через Постсовет:
Комментарии (0) RSS свернуть / развернуть

Только зарегистрированные и авторизованные пользователи могут оставлять комментарии.


Комментировать публикацию через Вконтакте: