Геймеры победили компьютер в игре с ДНК

Люди в 70 процентах случаев лучше компьютера справляются с выравниванием нескольких небольших последовательностей ДНК. С таким результатом завершился эксперимент Phylo, проводимый канадскими и американскими исследователями с 2010 года. Результаты их работы опубликованы в журнале PLoS One. Ученые создали специальную игровую оболочку, в которой от игрока требовалось выровнять несколько последовательностей ДНК таким образом, чтобы число совпадений между ними было максимальным.

Ученые создали специальную игровую оболочку, в которой от игрока требовалось выровнять несколько последовательностей ДНК таким образом, чтобы число совпадений между ними было максимальным. Для простоты ДНК была представлена цветными квадратами четырех цветов, которые соответствовали четырем нуклеотидам, из которых она состоит. Если игрок справлялся с задачей за отведенное время, его результат вносился в базу Phylo.

Далее авторы сравнивали полученные выравнивания с теми, которые способна делать одна из самых совершенных на данный момент программ для множественного выравнивания MULTIZ. Если результат игрока превосходил результат компьютерного алгоритма, то его имя вносилось в “зал славы” Phylo. Оказалось, что из 350 тысяч выравниваний, сделанных тремя тысячами игроков с начала эксперимента, 70 процентов оказалось точнее компьютерных.

На данный момент существуют алгоритмы гарантированно оптимального выравнивания не более двух последовательностей. Сложность такой задачи зависит от квадрата их длины n (сложность O (n2)). Если же требуется множественное выравнивание, то сложность возрастает пропорционально длине последовательностей n, возведенной в степень их числа k (сложность O (nk)) и оказывается в большинстве случаев недоступной для современных компьютеров при k>3. Поэтому программисты используют эвристические алгоритмы, дающие, как видно по успехам игроков, весьма приблизительный результат.

Алгоритмы выравнивания последовательностей ДНК и белков для современной биологии очень важны. Правильное выравнивание часто является основным источником информации о функционировании и родственных отношениях генов и организмов.

Эксперимент по своей концепции — привлечения широкой публики для решения актуальных научных задач напоминает проект FoldIt, в ходе которого волонтеры сворачивают белки в трехмерные структуры. В свою очередь, FoldIt был вдохновлен сетевым проектом по поиску внеземной жизни SETI.

Источник: lenta.ru

Пестушко: удача отвернулась от «Авангарда» в игре с «Сибирью»
Нападающий «Авангарда»» Максим Пестушко прокомментировал победу над «Сибирью» (2:1 Б) в матче регулярного чемпионата КХЛ. «У „Сибири“ на буллиты всегда выходит Красиков? Кстати, не знал.

Букмекеры назвали «Реал Сосьедад» фаворитом в игре с «Краснодаром»
В четверг, 21 августа, четыре российских клуба проведут матчи заключительного этапа квалификации Лиги Европы.

Юлиус Шуплер: Для меня нет принципиальности в играх с рижским Динамо
«Начало игры прошло на скоростях, мы забили, Рига быстро сравняла счет.После этого игра шла на равных.Каждый хотел сыграть надежно, осторожно.При счете 3:1пропустили, потому концовка получилась драматичной.

Геймер купил недвижимость в игре на 2,5 миллиона долларов
Неизвестный геймер приобрел игровую недвижимость в MMO Entropia Universe на 2,5 миллиона долларов. Об этом сообщае Eurogamer со ссылкой на разработчика игры — студию MindArk. Игрок купил земли на планете Калипсо, которая является наиболее старым регионом в игре. С ноября 2011 года на планете существует так называемая система «Гражданства» (Citizenship). Ее участники могут приобретать участки земли на Калипсо, а взамен они будут получать проценты от сделок, которые совершаются в этом…


  • Последовательность,
  • ДНК,
  • Выравнивание,
  • Результат,
  • Сложность
Комментировать публикацию через Постсовет:
Комментарии (0) RSS свернуть / развернуть

Только зарегистрированные и авторизованные пользователи могут оставлять комментарии.


Комментировать публикацию через Вконтакте: